Si en la primera manga Troy Bayliss se vio beneficiado por causas ajenas –la maniobra de Biaggi sobre Haga, que terminó con los dos en el suelo-, en esta segunda carrera, el australiano se bastó por sí mismo para conseguir un doblete en Misano que le acerca peligrosamente al líder del Mundial James Toseland, en esta ocasión, sexto. El piloto de Ducati se encuentra únicamente a 21 puntos del de Honda, algo que, hace tres pruebas, parecía impensable. Bayliss está a menos de una victoria de Toseland, es decir, el británico no se puede permitir el lujo de no puntuar en la siguiente prueba, porque eso podría significar perder el primer puesto de la general.
La carrera de Bayliss fue brillante. El australiano salió muy bien, pasó a Corser, el hombre con la pole y se dedicó a mantener un ritmo infernal que acabó pasando factura a todos sus perseguidores. El primero de sus rivales en descolgarse fue Biaggi, quien cometió el segundo error del día (tras la caída de la primera manga), y, en la segunda vuelta, de la tercera posición pasó a la sexta y perdió unos valiosos segundos con Bayliss, amén de tener que luchar cuerpo a cuerpo con otros pilotos para recuperar puestos.
El siguiente en claudicar fue Corser, aunque habituados como nos tiene a sus pérdidas de ritmo de carrera, sólo esperábamos saber en que vuelta perdería el contacto con el líder de la carrera. Eso ocurrió hacia la sexta.
El único que aguantaba era Noriyuki Haga, encorajinado por no haber sumado punto alguno en la primera manga. El de Yamaha, incluso, se permitió el lujo de marcar alguna que otra vuelta rápida en carrera. Sin embargo, el ritmo constante de Bayliss resultó demoledor. Décima a décima, parcial tras parcial y vuelta tras vuelta, el australiano comenzó a edificar una pequeña ventaja sobre su rival, que a la postre resultó determinante. En la vuelta 12, ésta era de casi un segundo. Fue el momento, en el que Haga decidió levantar un poco el pie y conformarse con salvar 20 puntos que le mantienen aún en plena lucha por el campeonato.
Así pues, mediada la prueba, lo único interesante era saber quien iba a obtener el tercer cajón del podio y cómo iba a terminar el líder Toseland. Esto último se desveló enseguida. Por delante de él, transitaban Corser, perdiendo ritmo, y Kagayama que se aproximaba peligrosamente al hombre de las 40 poles. Por detrás, llegaba como un obús Max Biaggi, rehaciéndose de su fiasco de la segunda vuelta. Tras un par de vueltas intensas en las que el británico supo mantener a raya al italiano, definitivamente su Honda no pudo evitar el adelantamiento del de Suzuki. A partir de ahí, se dedicó a mantener un ritmo cómodo, evitando que, por detrás, Rubén Xaus, Lanzi y Rolfo se le acercaran y le quitaran más puntos. Terminó, por tanto, sexto.
Por su parte, Biaggi demostró que tenía moto para esta prueba y que de no ser por su ímpetu mal dominado, hubiera terminado más arriba. Pasó primero a Corser y luego a su compañero, Kagayama, para hacerse con una tercera posición que le mantiene a unos 40 puntos del primer puesto de la genera y todavía con opciones de hacerse con el campeonato.
Xaus mantuvo la séptima posición, pese a las acometidas de Lanzi y Rolfo, mientras que Nieto acabó duodécimo.
| Pos. | Piloto | Moto | Tiempo | Vuelta rápida |
| 1 | T. BAYLISS | Ducati 999 F07 | 38`43``506 | 1'36.022 |
| 2 | N.HAGA | Yamaha YZF-R1 | 2.537 | 1'36.130 |
| 3 | M.BIAGGI | Suzuki GSX-R1000 K7 | 6.386 | 1'36.177 |
| 4 | Y. KAGAYAMA | Suzuki GSX-R1000 K7 | 8.905 | 1'36.344 |
| 5 | T. CORSER | Yamaha YZF-R1 | 9.130 | 1'36.273 |
| 6 | J. TOSELAND | Honda CBR1000RR | 13.967 | 1'36.654 |
| 7 | R. XAUS | Ducati 999 F06 | 16.708 | 1'36.818 |
| 8 | R. ROLFO | Honda CBR1000RR | 16.781 | 1'36.822 |
| 9 | L. LANZI | Ducati 999 F07 | 17.312 | 1'36.567 |
| 10 | M.NEUKIRCHNER | Suzuki GSX-R1000 K6 | 33.065 | 1'37.424 |
| 11 | R. LACONI | Kawasaki ZX-10R | 33.605 | 1'37.485 |
| 12 | F. NIETO | Kawasaki ZX-10R | 41.251 | 1'37.627 |
| 13 | J. SMRZ | Ducati 999 F05 | 42.723 | 1'37.554 |
| 14 | S. NAKATOMI | Yamaha YZF-R1 | 56.644 | 1'38.260 |
| 15 | M.SANCHINI | Kawasaki ZX-10R | 1'00.739 | 1'38.145 |
| 16 | L. CONFORTI | Honda CBR1000RR | 1'16.641 | 1'38.858 |
| 17 | A. POLITA | Suzuki GSX-R1000 K6 | 1'17.714 | 1'39.086 |
| 18 | L. MORELLI | Honda CBR1000RR | 1'34.886 | 1'39.759 |
| 19 | D. ELLISON | Ducati 999RS | a 1 vuelta | 1'39.897 |
