Después de un día y medio de absoluta inactividad en el circuito de Motegi, por fin han podido comenzar los entrenamientos cronometrados del Gran Premio de Japón, con los pilotos de Moto3 abriendo pista. Y parece como si nada hubiera pasado, pues los cuatro primeros clasificados en la provisional del campeonato han vuelto a colocarse en lo más alto, y eso que el asfalto no estaba en su mejor estado, con mucha agua sobre él. Alex Rins, Maverick Viñales y Alex Márquez saldrán desde la primera línea, mientras que Luis Salom lo hará desde la segunda, acompañado de Jack Miller e Isaac Viñales.
| POS | PILOTO | MOTO | TIEMPO/DIF |
| 1 | Alex RINS | KTM | 2'09.387 |
| 2 | Maverick VIÑALES | KTM | 0.923 |
| 3 | Alex MARQUEZ | KTM | 0.926 |
| 4 | Luis SALOM | KTM | 1.269 |
| 5 | Jack MILLER | FTR HONDA | 1.284 |
| 6 | Isaac VIÑALES | FTR HONDA | 1.494 |
| 7 | Niccolò ANTONELLI | FTR HONDA | 1.624 |
| 8 | Hiroki ONO | HONDA | 1.670 |
| 9 | Jonas FOLGER | KALEX KTM | 1.836 |
| 10 | Sena YAMADA | HONDA | 2.131 |
| 11 | Jasper IWEMA | KALEX KTM | 2.257 |
| 12 | Hyuga WATANABE | FTR HONDA | 2.332 |
| 13 | Zulfahmi KHAIRUDDIN | KTM | 2.406 |
| 14 | Toni FINSTERBUSCH | KALEX KTM | 2.567 |
| 15 | Brad BINDER | MAHINDRA | 2.586 |
| 16 | Jakub KORNFEIL | KALEX KTM | 2.703 |
| 17 | Niklas AJO | KTM | 2.849 |
| 18 | Miguel OLIVEIRA | MAHINDRA | 2.900 |
| 19 | Arthur SISSIS | KTM | 2.948 |
| 20 | Alexis MASBOU | FTR HONDA | 2.988 |
| 21 | Efren VAZQUEZ | MAHINDRA | 2.995 |
| 22 | John MCPHEE | FTR HONDA | 3.081 |
| 23 | Luca GRUENWALD | KALEX KTM | 3.158 |
| 24 | Lorenzo BALDASSARRI | FTR HONDA | 3.190 |
| 25 | Livio LOI | KALEX KTM | 3.208 |
| 26 | Romano FENATI | FTR HONDA | 3.806 |
| 27 | Alan TECHER | TSR HONDA | 4.512 |
| 28 | Hafiq AZMI | FTR HONDA | 4.620 |
| 29 | Luca AMATO | MAHINDRA | 4.630 |
| 30 | Matteo FERRARI | FTR HONDA | 4.792 |
| 31 | Eric GRANADO | KALEX KTM | 5.319 |
| 32 | Philipp OETTL | KALEX KTM | 7.277 |
| 33 | Juanfran GUEVARA | TSR HONDA | 8.051 |
| 34 | Francesco BAGNAIA | FTR HONDA | 8.679 |
| 35 | Ana CARRASCO | KTM | 9.344 |
