Alex Rins ha logrado bajar a 1:42 en los últimos entrenamientos libres de Moto3 del Gran Premio de San Marino, lo que le ha valido para ser primero por delante de Jonas Folger y de Maverick Viñales. Buena sesión igualmente para Jack Miller, cuarto, a pesar de tener una caída sin consecuencias. Romano Fenati ha completado el top cinco, mientra que Luis Salom se lo ha tomado con bastante calma y ha finalizado el FP3 en el puesto 16.
| POS | PILOTO | MOTO | TIEMPO/DIF |
| 1 | Alex RINS | KTM | 1'42.917 |
| 2 | Jonas FOLGER | KALEX KTM | 0.194 |
| 3 | Maverick VIÑALES | KTM | 0.586 |
| 4 | Jack MILLER | FTR HONDA | 0.786 |
| 5 | Alex MARQUEZ | KTM | 0.969 |
| 6 | Romano FENATI | FTR HONDA | 1.044 |
| 7 | Arthur SISSIS | KTM | 1.050 |
| 8 | Miguel OLIVEIRA | MAHINDRA | 1.060 |
| 9 | Isaac VIÑALES | FTR HONDA | 1.128 |
| 10 | Brad BINDER | MAHINDRA | 1.211 |
| 11 | Jakub KORNFEIL | KALEX KTM | 1.283 |
| 12 | Efren VAZQUEZ | MAHINDRA | 1.290 |
| 13 | Zulfahmi KHAIRUDDIN | KTM | 1.399 |
| 14 | Niccolò ANTONELLI | FTR HONDA | 1.403 |
| 15 | Philipp OETTL | KALEX KTM | 1.442 |
| 16 | Luis SALOM | KTM | 1.598 |
| 17 | Alexis MASBOU | FTR HONDA | 1.632 |
| 18 | John MCPHEE | FTR HONDA | 1.637 |
| 19 | Lorenzo BALDASSARRI | FTR HONDA | 1.733 |
| 20 | Andrea LOCATELLI | MAHINDRA | 1.934 |
| 21 | Matteo FERRARI | FTR HONDA | 1.967 |
| 22 | Eric GRANADO | KALEX KTM | 2.032 |
| 23 | Alan TECHER | TSR HONDA | 2.125 |
| 24 | Alessandro TONUCCI | FTR HONDA | 2.386 |
| 25 | Toni FINSTERBUSCH | KALEX KTM | 2.434 |
| 26 | Ana CARRASCO | KTM | 2.538 |
| 27 | Luca AMATO | MAHINDRA | 2.690 |
| 28 | Luca MARINI | FTR HONDA | 2.761 |
| 29 | Livio LOI | KALEX KTM | 2.984 |
| 30 | Jasper IWEMA | KALEX KTM | 2.987 |
| 31 | Juanfran GUEVARA | TSR HONDA | 3.092 |
| 32 | Niklas AJO | KTM | 3.142 |
| 33 | Hyuga WATANABE | FTR HONDA | 3.302 |
| 34 | Florian ALT | KALEX KTM | 3.338 |
| Francesco BAGNAIA | FTR HONDA | 3.500 |