Jonas Folger (Dynavolt Intact GP) ha sido el piloto más rápido en la única sesión de entrenamientos libres de Moto2 que se ha podido celebrar. Danny Kent (Leopard Racing) y el vigente campeón del mundo de Moto2, Johann Zarco (Ajo Motorsport) han seguido al piloto alemán a una y cinco décimas respectivamente. Álex Rins (Páginas Amarillas HP40) sólo pudo ser quinto pero quedando sólo a 70 milésimas del piloto galo con el que lucha por el campeonato. Entre ambos encontramos al italiano del Forward Team, Lorenzo Baldasarri.
Más allá del top 10 nos topamos con el resto de pilotos nacionales con Álex Márquez en las 12º puesto, seguido justo por detrás de Julián Simón (QMMF Racing Team) e Isaac Viñales (Tech 3 Racing).
La segunda sesión de entrenamientos libres que debería haber tenido lugar justo después de MotoGP no pudo celebrarse debido a las pésimas condiciones de una pista que, lejos de poder evacuar tantísima agua, sucumbió a la lluvia y se vio anegada. Eso, pese a los esfuerzos de unos comisarios que trabajaron bajo el aguacero para intentar deshacerse de fina línea de agua que cubría el asfalto de Phillip Island. Y lo que es peor, la previsión del tiempo no mejora y anuncia agua para todo el sábado, salvándose sólo el domingo de carreras.
Resultados FP1 Moto2 Australia 2016:
| Pos. | Piloto | País | Equipo | Moto | Km/h | Tiempo | Diferencia1st/Prev. |
| 1 | Jonas FOLGER | GER | Dynavolt Intact GP | Kalex | 271.7 | 1'47.629 | |
| 2 | Danny KENT | GBR | Leopard Racing | Kalex | 268.0 | 1'47.798 | 0.169 / 0.169 |
| 3 | Johann ZARCO | FRA | Ajo Motorsport | Kalex | 273.2 | 1'48.129 | 0.500 / 0.331 |
| 4 | Lorenzo BALDASSARRI | ITA | Forward Team | Kalex | 265.9 | 1'48.135 | 0.506 / 0.006 |
| 5 | Alex RINS | SPA | Paginas Amarillas HP 40 | Kalex | 270.8 | 1'48.199 | 0.570 / 0.064 |
| 6 | Takaaki NAKAGAMI | JPN | IDEMITSU Honda Team Asia | Kalex | 271.4 | 1'48.315 | 0.686 / 0.116 |
| 7 | Hafizh SYAHRIN | MAL | Petronas Raceline Malaysia | Kalex | 267.3 | 1'48.340 | 0.711 / 0.025 |
| 8 | Jesko RAFFIN | SWI | Sports-Millions-EMWE-SAG | Kalex | 266.7 | 1'48.394 | 0.765 / 0.054 |
| 9 | Xavi VIERGE | SPA | Tech 3 Racing | Tech 3 | 267.9 | 1'48.481 | 0.852 / 0.087 |
| 10 | Remy GARDNER | AUS | Tasca Racing Scuderia Moto2 | Kalex | 267.0 | 1'49.209 | 1.580 / 0.728 |
| 11 | Thomas LUTHI | SWI | Garage Plus Interwetten | Kalex | 271.7 | 1'49.324 | 1.695 / 0.115 |
| 12 | Alex MARQUEZ | SPA | Estrella Galicia 0,0 Marc VDS | Kalex | 274.7 | 1'49.468 | 1.839 / 0.144 |
| 13 | Julian SIMON | SPA | QMMF Racing Team | Speed Up | 266.7 | 1'49.704 | 2.075 / 0.236 |
| 14 | Xavier SIMEON | BEL | QMMF Racing Team | Speed Up | 267.7 | 1'49.999 | 2.370 / 0.295 |
| 15 | Isaac VIÑALES | SPA | Tech 3 Racing | Tech 3 | 261.7 | 1'50.152 | 2.523 / 0.153 |
| 16 | Marcel SCHROTTER | GER | AGR Team | Kalex | 260.6 | 1'50.753 | 3.124 / 0.601 |
| 17 | Simone CORSI | ITA | Speed Up Racing | Speed Up | 267.5 | 1'50.808 | 3.179 / 0.055 |
| 18 | Iker LECUONA | SPA | Technomag Racing Interwetten | Kalex | 269.1 | 1'50.879 | 3.250 / 0.071 |
| 19 | Franco MORBIDELLI | ITA | Estrella Galicia 0,0 Marc VDS | Kalex | 268.2 | 1'51.186 | 3.557 / 0.307 |
| 20 | Edgar PONS | SPA | Paginas Amarillas HP 40 | Kalex | 266.9 | 1'51.551 | 3.922 / 0.365 |
| 21 | Sandro CORTESE | GER | Dynavolt Intact GP | Kalex | 271.0 | 1'51.667 | 4.038 / 0.116 |
| 22 | Mattia PASINI | ITA | Italtrans Racing Team | Kalex | 268.4 | 1'51.733 | 4.104 / 0.066 |
| 23 | Luca MARINI | ITA | Forward Team | Kalex | 259.8 | 1'51.769 | 4.140 / 0.036 |
| 24 | Sam LOWES | GBR | Federal Oil Gresini Moto2 | Kalex | 267.3 | 1'51.838 | 4.209 / 0.069 |
| 25 | Ramdan ROSLI | MAL | Petronas AHM Malaysia | Kalex | 253.0 | 1'51.954 | 4.325 / 0.116 |
| 26 | Ratthapark WILAIROT | THA | IDEMITSU Honda Team Asia | Kalex | 260.7 | 1'52.002 | 4.373 / 0.048 |
| 27 | Axel PONS | SPA | AGR Team | Kalex | 267.3 | 1'52.557 | 4.928 / 0.555 |
| 28 | Robin MULHAUSER | SWI | CarXpert Interwetten | Kalex | 265.5 | 1'53.098 | 5.469 / 0.541 |
| Alessandro NOCCO | ITA | Leopard Racing | Kalex | 234.0 | 2'02.459 | 14.830 / 9.361 |