Marc Márquez ha sido el piloto más rápido sobre la pista mojada del circuito de Assen, seguido de Valentino Rossi y de Dani Pedrosa, quienes podrían ser los que pelearan por la victoria el sábado en la carrera de MotoGP del Gran Premio de Holanda. Una pelea en la que no veremos al actual campeón del Mundo, Jorge Lorenzo, quien se ha fracturado la clavícula izquierda tras irse al suelo mediada la segunda sesión de entrenamientos.
| POS | PILOTO | MOTO | TIEMPO/DIF |
| 1 | Marc MARQUEZ | HONDA | 1'47.617 |
| 2 | Valentino ROSSI | YAMAHA | 0.252 |
| 3 | Dani PEDROSA | HONDA | 0.623 |
| 4 | Stefan BRADL | HONDA | 0.977 |
| 5 | Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 1.065 |
| 6 | Nicky HAYDEN | DUCATI | 1.065 |
| 7 | Cal CRUTCHLOW | YAMAHA | 1.144 |
| 8 | Danilo PETRUCCI | IODA-SUTER | 1.414 |
| 9 | Yonny HERNANDEZ | ART | 1.512 |
| 10 | Michael LAVERTY | PBM | 1.821 |
| 11 | Claudio CORTI | FTR-KAWASAKI | 1.877 |
| 12 | Alvaro BAUTISTA | HONDA | 2.029 |
| 13 | Michele PIRRO | DUCATI | 2.052 |
| 14 | Randy DE PUNIET | ART | 2.348 |
| 15 | Karel ABRAHAM | ART | 2.801 |
| 16 | Aleix ESPARGARO | ART | 3.363 |
| 17 | Jorge LORENZO | YAMAHA | 3.815 |
| 18 | Bradley SMITH | YAMAHA | 4.291 |
| 19 | Andrea IANNONE | DUCATI | 4.538 |
| 20 | Ivan SILVA | FTR | 4.730 |
| 21 | Lukas PESEK | IODA-SUTER | 4.868 |
| 22 | Hector BARBERA | FTR | 5.441 |
| 23 | Colin EDWARDS | FTR-KAWASAKI | 6.657 |