Maverick Viñales ha vuelto a lograr el mejor tiempo de Moto3 en Silverstone, después de haberlo hecho ayer en el FP2. El español afronta ahora con mucha confianza los cronometrados, pues la diferencia respecto a sus rivales ha sido muy grande. Por detrás de Viñales han finalizado los habituales en esta categoría: Luis Salom, Alex Rins, Alex Márquez y Jonas Folger, aunque muy lejos del primero.
| POS | PILOTO | MOTO | TIEMPO/DIF |
| 1 | Maverick VIÑALES | KTM | 2'14.003 |
| 2 | Luis SALOM | KTM | 0.423 |
| 3 | Alex RINS | KTM | 0.485 |
| 4 | Alex MARQUEZ | KTM | 0.552 |
| 5 | Jonas FOLGER | KALEX KTM | 0.935 |
| 6 | Alexis MASBOU | FTR HONDA | 1.559 |
| 7 | Isaac VIÑALES | FTR HONDA | 1.629 |
| 8 | Jack MILLER | FTR HONDA | 1.655 |
| 9 | Niccolò ANTONELLI | FTR HONDA | 1.689 |
| 10 | Lorenzo BALDASSARRI | FTR HONDA | 1.719 |
| 11 | Efren VAZQUEZ | MAHINDRA | 1.872 |
| 12 | Miguel OLIVEIRA | MAHINDRA | 2.025 |
| 13 | Zulfahmi KHAIRUDDIN | KTM | 2.056 |
| 14 | John MCPHEE | FTR HONDA | 2.268 |
| 15 | Arthur SISSIS | KTM | 2.378 |
| 16 | Alan TECHER | TSR HONDA | 2.407 |
| 17 | Philipp OETTL | KALEX KTM | 2.432 |
| 18 | Niklas AJO | KTM | 2.492 |
| 19 | Romano FENATI | FTR HONDA | 2.658 |
| 20 | Eric GRANADO | KALEX KTM | 2.825 |
| 21 | Luca AMATO | SUTER HONDA | 3.037 |
| 22 | Livio LOI | KALEX KTM | 3.132 |
| 23 | Jakub KORNFEIL | KALEX KTM | 3.165 |
| 24 | Matteo FERRARI | FTR HONDA | 3.173 |
| 25 | Francesco BAGNAIA | FTR HONDA | 3.174 |
| 26 | Hyuga WATANABE | FTR HONDA | 3.268 |
| 27 | Ana CARRASCO | KTM | 3.360 |
| 28 | Toni FINSTERBUSCH | KALEX KTM | 3.408 |
| 29 | Brad BINDER | SUTER HONDA | 3.524 |
| 30 | Wayne RYAN | KRP HONDA | 3.739 |
| 31 | Alessandro TONUCCI | FTR HONDA | 4.097 |
| 32 | Jasper IWEMA | KALEX KTM | 4.229 |
| 33 | Florian ALT | KALEX KTM | 4.404 |
| 34 | Juanfran GUEVARA | TSR HONDA | 4.612 |
| 35 | Kyle RYDE | KRP HONDA | 5.816 |