A pesar de haber ganado tres Grandes Premio esta temporada y ser el líder destacado de la categoría, Mike Di Meglio nunca había logrado una pole position en toda su carrera, y finalmente en Motegi se ha hecho con ella. El francés de Derbi ha realizado un espectacular registro de 1'58.678 (único piloto en bajar de 1’59) que le afianzan como el rival a batir en el GP de Japón.
El piloto que más “cerca” ha estado del tiempo de Di Meglio ha sido Stefan Bradl, aunque el alemán se ha situado a casi cuatro décimas del líder del Mundial. Nico Terol ha realizado unos muy bueno cronometrados y a pesar de la inferioridad mecánica de su Aprilia RS se ha alzado con el tercer puesto de, a 45 milésimas del segundo. Otro alemán, Sandro Cortese, completa la primera línea de la parrilla en la categoría de 125 cc.
Gabor Talmacsi encabeza la segunda fila, acompañado por Scott Redding, Dominique Aegerter y el español Pol Espargaró, certificando el buen resultado de las Derbi en Motegi ya que tres de sus cuatro motos se han situado entre los ocho mejores.
En la tercera fila hay dos pilotos españoles, Sergio Gadea (10º) y Joan Olivé (12º), que ayer marcó el mejor tiempo en los primeros cronometrados. Les acompañarán en la salida Andrea Iannone y Tomoyoshi Koyama (primera KTM en la parrilla).
Dos de los favoritos, Bradley Smith y Simone Corsi, no han realizado buenos entrenamientos. El británico, que había encabezado los libres del sábado, se ha ido al suelo cuando faltaban pocos minutos para terminar los cronometrados y saldrá 14º. Por su parte, Corsi, que sigue siendo el principal rival de Di Meglio en la lucha por el campeonato, sólo ha podido ser 15º, corroborando los problemas de adaptación del italiano al circuito de Motegi. Otros dos españoles saldrán desde esta cuarta fila, Marc Márquez (13º) y Efrén Vázquez (16º).
En cuanto al resto de los pilotos españoles: Esteve Rabat ha finalizado 21º, Pablo Nieto 28º y Adrián Martín 29º.
| POS | PILOTO | MOTO | TIEMPO | DIF. |
| 1 | Mike DI MEGLIO | DERBI | 1'58.678 | |
| 2 | Stefan BRADL | APRILIA | 1'59.059 | 0.381 |
| 3 | Nicolas TEROL | APRILIA | 1'59.104 | 0.426 |
| 4 | Sandro CORTESE | APRILIA | 1'59.132 | 0.454 |
| 5 | Gabor TALMACSI | APRILIA | 1'59.179 | 0.501 |
| 6 | Scott REDDING | APRILIA | 1'59.351 | 0.673 |
| 7 | Dominique AEGERTER | DERBI | 1'59.463 | 0.785 |
| 8 | Pol ESPARGARO | DERBI | 1'59.562 | 0.884 |
| 9 | Andrea IANNONE | APRILIA | 1'59.565 | 0.887 |
| 10 | Sergio GADEA | APRILIA | 1'59.695 | 1.017 |
| 11 | Tomoyoshi KOYAMA | KTM | 1'59.739 | 1.061 |
| 12 | Joan OLIVE | DERBI | 1'59.756 | 1.078 |
| 13 | Marc MARQUEZ | KTM | 1'59.783 | 1.105 |
| 14 | Bradley SMITH | APRILIA | 1'59.784 | 1.106 |
| 15 | Simone CORSI | APRILIA | 1'59.919 | 1.241 |
| 16 | Efren VAZQUEZ | APRILIA | 1'59.956 | 1.278 |
| 17 | Stevie BONSEY | APRILIA | 2'00.112 | 1.434 |
| 18 | Danny WEBB | APRILIA | 2'00.125 | 1.447 |
| 19 | Raffaele DE ROSA | KTM | 2'00.404 | 1.726 |
| 20 | Takaaki NAKAGAMI | APRILIA | 2'00.434 | 1.756 |
| 21 | Esteve RABAT | KTM | 2'01.121 | 2.443 |
| 22 | Alexis MASBOU | LONCIN | 2'01.247 | 2.569 |
| 23 | Lorenzo ZANETTI | KTM | 2'01.279 | 2.601 |
| 24 | Michael RANSEDER | APRILIA | 2'01.395 | 2.717 |
| 25 | Robin LASSER | APRILIA | 2'01.458 | 2.780 |
| 26 | Iori NAMIHIRA | HONDA | 2'01.944 | 3.266 |
| 27 | Hiroomi IWATA | HONDA | 2'01.946 | 3.268 |
| 28 | Pablo NIETO | KTM | 2'02.000 | 3.322 |
| 29 | Adrian MARTIN | APRILIA | 2'02.069 | 3.391 |
| 30 | Marco RAVAIOLI | APRILIA | 2'02.148 | 3.470 |
| 31 | Jonas FOLGER | KTM | 2'02.270 | 3.592 |
| 32 | Yuuichi YANAGISAWA | HONDA | 2'02.488 | 3.810 |
| 33 | Robert MURESAN | APRILIA | 2'02.656 | 3.978 |
| 34 | Kazuma WATANABE | HONDA | 2'02.708 | 4.030 |
| 35 | Hiroki ONO | HONDA | 2'02.833 | 4.155 |
| 36 | Jules CLUZEL | LONCIN | 2'03.058 | 4.380 |
| 37 | Cyril CARRILLO | HONDA | 2'03.426 | 4.748 |
| 38 | Hugo VAN DEN BERG | APRILIA | 2'03.494 | 4.816 |
| 39 | Bastien CHESAUX | APRILIA | 2'04.091 | 5.413 |
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