Neukirchner (Suzuki) salía como un tiro desde la misma parrilla de salida en primera posición y se afianzaba en este puesto sin que ningún rival le inquietara. Bayliss se puso a su cola y Lanzi seguía a su antiguo jefe de filas muy de cerca.
Rubén Xaus (Ducati) no perdía de vista a las dos Ducati que le precedían, Fonsi (Suzuki) está en sexta posición y Checa que ha tenido un percance en la primera curva se sitúa en 18ª posición.
Las posiciones se mantienen y Neukirchner se escapa poco a poco afianzándose como líder de la primera carrera de Valencia.
En la quinta vuelta vemos como nuestro piloto mejor clasificado, Xaus, se va por los suelos y, aunque consigue retornar a la pista, veremos poco después como Rubén se ve obligado a retirarse.
Checa va remontando posiciones y antes de que nos demos cuenta se ha colocado tras la rueda de Fonsi. Una vez allí supera al madrileño en poco tiempo y nos queda claro que Checa aspira a todo en esta carrera. La vuelta rápida ya lleva su nombre, se acerca a Corser y da buena cuenta de él tras alcanzarle.
La atención de la carrera se ha centrado en la remontada de Carlos que ahora tiene como objetivo al dueto de Ducati formado por Lanzi y Bayliss. Lorenzo Lanzi no se ha despegado de Bayliss en toda la carrera, Checa le sorprende y en la curva de entrada a meta, en el mismo sitio que ya superara a Corser, se hace con la tercera plaza del cajón. Su nuevo objetivo es el gran Bayliss. El australiano no supone un problema para Checa y, antes de que termine la vuelta 12ª ya está en segunda posición.
El nuevo reto es Neukirchner que rueda en solitario en una destacada primera posición. La ventaja es tal que parece que Checa no logrará alcanzarle y durante algunas vueltas pudimos pensar que Carlos había tirado la toalla. La diferencia de tres segundos se mantenía con pequeñas variaciones hasta que, a tres vueltas del final, nos dimos cuenta de que Carlos Checa solo se estaba tomando un descanso y comenzaba su ataque a la primera posición.
Los tres segundos de diferencia rápidamente se quedaron en unas pocas décimas y, en la última vuelta de carrera Carlos está a rueda del alemán. Quedan pocas curvas para que acabe la carrera y el de San Fruitós amenaza con adelantarle en el último momento.
La curva decisiva es la de entrada a meta, donde Carlos ha podido superar a muchos de sus rivales... Se mete por dentro y sorprende a Neukirchner que ha de modificar su trazada, pero Checa pierde el agarre de su rueda delantera y se va por los suelos llevándose por delante a Neukirchner.
La gran remontada de Carlos se ha ido por tierra y vemos como Lorenzo Lanzi pasa bajo la bandera a cuadros en primera posición. En la última vuelta el italiano superaba a Bayliss que tenía que conformarse con quedar segundo tras Lanzi.
Troy Corser terminaba en tercera posición y Fonsi, que rodaba con mucha ventaja frente al piloto que le seguía, era cuarto.
Carlos Checa, que pudo retornar a la pista tras su caída, finalizaba en quinta posición por delante de Muggeridge y un sorprendente Gregorio Lavilla que finalizaba en séptima posición.
David Checa, el hermano del gran protagonista de esta carrera, finalizaba en 15ª posición y Diego Lozano ha sido 19º.
| Pos. | Piloto | Marca | Tempo | V.Rápida |
| 1 | L. LANZI | Ducati | 37'01.894 | 1'35.467 |
| 2 | T. BAYLISS | Ducati | 2.987 | 1'35.412 |
| 3 | T. CORSER | Yamaha | 7.287 | 1'35.256 |
| 4 | F. NIETO | Suzuki | 11.992 | 1'35.548 |
| 5 | C. CHECA | Honda | 12.824 | 1'35.211 |
| 6 | K. MUGGERIDGE | Honda | 13.125 | 1'35.883 |
| 7 | G.LAVILLA | Honda | 13.191 | 1'35.968 |
| 8 | R. LACONI | Kawasaki | 13.906 | 1'36.317 |
| 9 | M.TAMADA | Kawasaki | 17.254 | 1'36.310 |
| 10 | R. ROLFO | Honda | 18.606 | 1'36.037 |
| 11 | S. NAKATOMI | Yamaha | 19.858 | 1'36.315 |
| 12 | K. SOFUOGLU | Honda | 23.350 | 1'36.520 |
| 13 | R. HOLLAND | Honda | 23.577 | 1'36.452 |
| 14 | J. SMRZ | Ducati | 24.082 | 1'36.532 |
| 15 | D. CHECA | Yamaha | 26.611 | 1'36.518 |
| 16 | M.BIAGGI | Ducati | 41.168 | 1'35.799 |
| 17 | A. BADOVINI | Kawasaki | 44.405 | 1'37.453 |
| 18 | L. MORELLI | Honda | 57.045 | 1'37.647 |
| 19 | D. LOZANO ORTIZ | Honda | 1'05.173 | 1'38.104 |
| 20 | L. NAPOLEONE | Yamaha | 5 vueltas | 1'38.257 |
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