Todas las dudas que había generado en los GP anteriores parece haberlas despejado Hiroshi Aoyama en el GP de Malasia. El piloto del Scot Honda ha conseguido la pole de la categoría del cuarto de litro, batiendo además el récord del circuito. El tiempo de Aoyama (2'06.767), es el nuevo récord del circuito siendo además el único piloto en bajar de 2’07.
Compartiendo primera fila junto al líder el Mundial estarán dos franceses, Jules Cluzel y Mike Di Meglio, y el español Héctor Barberá. El piloto del Pepe World Team todavía tiene posibilidades matemáticas de ser campeón del mundo de 250 cc, aunque está 33 puntos por debajo Aoyama y su objetivo en esta recta final del Campeonato será sumar más triunfos antes de su salto a MotoGP en 2010.
No lo tiene mucho mejor Álvaro Bautista, ya que está 29 puntos por debajo de líder. Independientemente del resultado de Aoyama y Simoncelli, el talaverano tiene que ganar para llegar con posibilidades al GP de la Comunidad Valenciana.
Otras dos Honda acompañarán a Bautista en la segunda línea de la parrilla. Ratthapark Wilairot y Héctor Faubel. Por detrás, el tercer piloto con posibilidades, Marco Simoncelli, que afrontará el GP de Malasia desde la octava posición y con una desventaja de 12 puntos con respecto a Aoyama.
En cuanto al resto de los pilotos españoles, Álex Debón salrá en la tercera fila (undécimo) mientras que Axel Pons ha conseguido el 18º mejor crono y partirá mañana desde la quinta línea de la parrilla.
| Pos | Piloto | Marca | Tiem/Dif | Vueltas |
| 1 | Hiroshi AOYAMA | HONDA | 2'06.767 | 17 |
| 2 | Jules CLUZEL | APRILIA | 0.332 | 16 |
| 3 | Mike DI MEGLIO | APRILIA | 0.465 | 15 |
| 4 | Hector BARBERA | APRILIA | 0.534 | 16 |
| 5 | Alvaro BAUTISTA | APRILIA | 0.604 | 17 |
| 6 | Ratthapark WILAIROT | HONDA | 0.895 | 16 |
| 7 | Hector FAUBEL | HONDA | 1.061 | 16 |
| 8 | Marco SIMONCELLI | GILERA | 1.149 | 17 |
| 9 | Thomas LUTHI | APRILIA | 1.182 | 18 |
| 10 | Raffaele DE ROSA | HONDA | 1.186 | 18 |
| 11 | Alex DEBON | APRILIA | 1.231 | 15 |
| 12 | Mattia PASINI | APRILIA | 1.392 | 12 |
| 13 | Roberto LOCATELLI | GILERA | 2.069 | 15 |
| 14 | Alex BALDOLINI | APRILIA | 2.074 | 15 |
| 15 | Karel ABRAHAM | APRILIA | 2.141 | 17 |
| 16 | Shoya TOMIZAWA | HONDA | 2.381 | 13 |
| 17 | Lukas PESEK | APRILIA | 2.569 | 13 |
| 18 | Axel PONS | APRILIA | 2.625 | 17 |
| 19 | Shuhei AOYAMA | HONDA | 2.887 | 11 |
| 20 | Balazs NEMETH | APRILIA | 4.844 | 15 |
| 21 | Bastien CHESAUX | APRILIA | 5.174 | 15 |
| 22 | Valentin DEBISE | HONDA | 5.404 | 17 |
| 23 | Vladimir LEONOV | APRILIA | 6.046 | 14 |
| 24 | Imre TOTH | APRILIA | 8.064 | 12 |
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