Con 46º en pista y un calor sofocante atípico en esta zona de Europa daba comienzo la sesión de cronometrados de Moto3. Lo hacía ya sin la participación de Jorge Martin, que a pesar de contar con el visto bueno médico, decidió no correr en Brno después de haberse probado durante los primeros libres y haber comprobado que no estaba en condiciones de competir, "Lo intentaremos en Austria de nuevo y si no puede ser, volveremos más fuertes para Silverstone".
La pole se la ha llevado Gabri Rodrigo pero después de haber vivido otro episodio de motos casi paradas esperando a ver quién era el primero en tirar para marcar tiempo. El grupo sólo comenzó a dar gas cuando quedaban menos de tres minutos para terminar la sesión. La batalla estuvo en primer lugar protagonizada por Joan Mir, Guevara y Fenati, que además rodaban en el mismo grupo.
Con la bandera a cuadros ya en pista, Gabri Rodrigo, que tras una caída sólo pudo dar cinco vueltas, se sacó un tiempo sideral que significaba la primera pole position para KTM en 2017. Así el RBA firmaba uno de sus mejores sábados con Juanfran en tercera posición.
Clasificación Cronometrados Moto3 Brno:
| Pos. | Piloto | País | Equipo | Moto | Km/h | Tiempo | Diferencia1st/Prev. |
| 1 | Gabriel RODRIGO | ARG | RBA BOE Racing Team | KTM | 220.4 | 2'08.571 | |
| 2 | Romano FENATI | ITA | Marinelli Rivacold Snipers | Honda | 217.0 | 2'08.721 | 0.150 / 0.150 |
| 3 | Juanfran GUEVARA | SPA | RBA BOE Racing Team | KTM | 220.5 | 2'08.874 | 0.303 / 0.153 |
| 4 | Joan MIR | SPA | Leopard Racing | Honda | 215.7 | 2'08.967 | 0.396 / 0.093 |
| 5 | Nicolo BULEGA | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 214.6 | 2'08.971 | 0.400 / 0.004 |
| 6 | Bo BENDSNEYDER | NED | Red Bull KTM Ajo | KTM | 219.2 | 2'08.991 | 0.420 / 0.020 |
| 7 | Marcos RAMIREZ | SPA | Platinum Bay Real Estate | KTM | 215.5 | 2'09.043 | 0.472 / 0.052 |
| 8 | Fabio DI GIANNANTONIO | ITA | Del Conca Gresini Moto3 | Honda | 220.8 | 2'09.142 | 0.571 / 0.099 |
| 9 | Livio LOI | BEL | Leopard Racing | Honda | 221.3 | 2'09.148 | 0.577 / 0.006 |
| 10 | Philipp OETTL | GER | Südmetall Schedl GP Racing | KTM | 220.1 | 2'09.187 | 0.616 / 0.039 |
| 11 | Ayumu SASAKI | JPN | SIC Racing Team | Honda | 221.3 | 2'09.348 | 0.777 / 0.161 |
| 12 | Niccolò ANTONELLI | ITA | Red Bull KTM Ajo | KTM | 219.1 | 2'09.358 | 0.787 / 0.010 |
| 13 | Tatsuki SUZUKI | JPN | SIC58 Squadra Corse | Honda | 216.4 | 2'09.359 | 0.788 / 0.001 |
| 14 | Andrea MIGNO | ITA | SKY Racing Team VR46 | KTM | 213.9 | 2'09.361 | 0.790 / 0.002 |
| 15 | Nakarin ATIRATPHUVAPAT | THA | Honda Team Asia | Honda | 218.1 | 2'09.479 | 0.908 / 0.118 |
| 16 | Tony ARBOLINO | ITA | SIC58 Squadra Corse | Honda | 218.1 | 2'09.543 | 0.972 / 0.064 |
| 17 | Aron CANET | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | 216.4 | 2'09.547 | 0.976 / 0.004 |
| 18 | Jules DANILO | FRA | Marinelli Rivacold Snipers | Honda | 219.3 | 2'09.565 | 0.994 / 0.018 |
| 19 | John MCPHEE | GBR | British Talent Team | Honda | 214.9 | 2'09.583 | 1.012 / 0.018 |
| 20 | Enea BASTIANINI | ITA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | 221.5 | 2'09.614 | 1.043 / 0.031 |
| 21 | Maria HERRERA | SPA | AGR Team | KTM | 220.5 | 2'09.698 | 1.127 / 0.084 |
| 22 | Lorenzo DALLA PORTA | ITA | Aspar Mahindra Moto3 | Mahindra | 214.2 | 2'09.730 | 1.159 / 0.032 |
| 23 | Kaito TOBA | JPN | Honda Team Asia | Honda | 217.4 | 2'09.762 | 1.191 / 0.032 |
| 24 | Jakub KORNFEIL | CZE | Peugeot MC Saxoprint | Peugeot | 212.8 | 2'10.168 | 1.597 / 0.406 |
| 25 | Adam NORRODIN | MAL | SIC Racing Team | Honda | 219.5 | 2'10.176 | 1.605 / 0.008 |
| 26 | Dennis FOGGIA | ITA | Platinum Bay Real Estate | KTM | 214.1 | 2'10.198 | 1.627 / 0.022 |
| 27 | Albert ARENAS | SPA | Aspar Mahindra Moto3 | Mahindra | 215.3 | 2'10.222 | 1.651 / 0.024 |
| 28 | Manuel PAGLIANI | ITA | CIP | Mahindra | 212.8 | 2'10.578 | 2.007 / 0.356 |
| 29 | Marco BEZZECCHI | ITA | CIP | Mahindra | 212.1 | 2'10.803 | 2.232 / 0.225 |
| 30 | Tim GEORGI | GER | Freudenberg Racing Team | KTM | 218.0 | 2'10.841 | 2.270 / 0.038 |
| 31 | Patrik PULKKINEN | FIN | Peugeot MC Saxoprint | Peugeot | 208.7 | 2'11.450 | 2.879 / 0.609 |
| 32 | Gabriel MARTINEZ-ABREGO | MEX | Motomex Team Moto3 | KTM | 214.4 | 2'12.424 | 3.853 / 0.974 |