Afrontaba Marc Márquez en Motegi su primera bola de partido para finiquitar el campeonato. Se antojaba complicado que el de Cervera se proclamara campeón en Japón (Valentino Rossi debía finalizar más allá del décimo cuarto puesto y Lorenzo no subir al podio), pero las posibilidades se abrieron cuando el transalpino cometió un error poco común en él y se fue al suelo en la sexta vuelta. Rossi, que venía persiguiendo a Márquez, líder desde la cuarta vuelta, no pudo regresar a pista. Debió de retirarse y tras su KO comenzaron las especulaciones. ¿Se dará la carambola? ¿Márquez volverá a ser campeón en Japón?
Durante muchos giros pareció que la celebración debería postergarse. No en vano, el de Cervera circulaba en cabeza en solitario, mientras Lorenzo lo hacía en la segunda plaza, algo que imposibilitaba su alirón. La sorpresa se produjo a falta de cinco giros, cuando el mallorquín, inexplicablemente, se fue al suelo. Tras el KO de las dos Yamaha, Márquez tan solo tenía que llegar a meta. Y así lo hizo. Ganó la prueba y también el título. Se trata de quinto título del español, el tercero en la clase reina.
Así fue la carrera
Pese a su caída, Lorenzo comenzó muy fuerte la prueba, colocándose en cabeza nada más apagarse el semáforo rojo. Llegó a contar con más de medio segundo de ventaja, en parte gracias a su buen hacer y en parte debido a la lucha en la que se enfrascaron Rossi y Márquez. La pelea solo duró unas curvas, pero las suficientes como para favorecer la escapada del mallorquín. Fue en estos primeros instantes también cuando el pelotón comenzó a romperse: Lorenzo, seguido de Márquez, Rossi, Aleix Espargaró, Dovizioso y Viñales.
Coincidiendo con la toma de la cabeza por parte de Márquez (cuarto giro), el grupo se redujo a aún más: el propio Márquez, Lorenzo y Rossi. Y fue entonces cuando llegó la caída del transalpino. Rossi, que previamente se había deshecho de su compañero de box, perdió el control de su Yamaha en la curva 10 y puso en bandeja el triunfo a Márquez.
A partir de ahí, el español no encontró oposición. Lorenzo no pudo seguirle y Márquez se escapó sin mayores problemas. Las posiciones se encontraban estabilizadas y solo Dovizioso ponía algo de emoción a la carrera, amenazando la segunda plaza de Lorenzo. Quizás por la presión del de Ducati llegó el error de Lorenzo, que dio un vuelco a la carrera a falta de cinco giros. Sorprendentemente, se fue al suelo otorgándole matemáticamente el título a Márquez.
Dovizioso, segundo, y Viñales, tercero, completaron el podio. Aleix Espargaró, cuarto, Pol Espargaró, sexto, Álvaro Bautista, séptimo, y Tito Rabat, 14º, también puntuaron. No lo hizo Héctor Barberá con la Ducati oficial, al sufrir una caída.
Clasificación GP de Japón de MotoGP
| Posición | Piloto | Marca | Tiempo/Dif. |
| 1 | Marc MARQUEZ | HONDA | 42'34.610 |
| 2 | Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 2.992 |
| 3 | Maverick VIÑALES | SUZUKI | 4.104 |
| 4 | Aleix ESPARGARO | SUZUKI | 4.726 |
| 5 | Cal CRUTCHLOW | HONDA | 15.049 |
| 6 | Pol ESPARGARO | YAMAHA | 19.654 |
| 7 | Alvaro BAUTISTA | APRILIA | 23.032 |
| 8 | Danilo PETRUCCI | DUCATI | 28.555 |
| 9 | Scott REDDING | DUCATI | 28.802 |
| 10 | Stefan BRADL | APRILIA | 32.330 |
| 11 | Katsuyuki NAKASUGA | YAMAHA | 42.845 |
| 12 | Yonny HERNANDEZ | DUCATI | 52.219 |
| 13 | Bradley SMITH | YAMAHA | 53.783 |
| 14 | Tito RABAT | HONDA | 54.760 |
| 15 | Hiroshi AOYAMA | HONDA | 1'00.155 |
| 16 | Loris BAZ | DUCATI | 1'04.440 |
| 17 | Hector BARBERA | DUCATI | 1'42.966 |
| 18 | Mike JONES | DUCATI | 1 lap |
