Marc Márquez fue el protagonista indiscutible la primera jornada en el trazado checo de Brno. El de Cervera cuajó una gran actuación en los segundos libres de la categoría reina y logró dominar la tabla de tiempos, gracias a un registro de 1.55.840 logrado en los compases finales. El líder de la clase, que previamente ya había acaparado todos los focos al salvar de forma espectacular una caída en la curva 13 cuando prácticamente se encontraba ya en el suelo, superó en la clasificación combinada del día a Andrea Iannone, el piloto más rápido del FP1, y a Jorge Lorenzo, quien en la tanda matinal había sido segundo. Ellos tres fueron los únicos integrantes de la parrilla que consiguieron rodar en 1.55.
Héctor Barberá, cuarto, a punto estuvo también de romper esa barrera, pero finalmente se quedó a poco más de una décima. Aún así, su crono (1.56.125), el cuarto más rápido del día, le situó por delante de pesos pesados de la categoría como Valentino Rossi (quinto) o Andrea Dovizioso (sexto). Gran actuación de Barberá, pues, que ocupó la misma plaza que ya lograra en la sesión inaugural.
Otro que completó un buen entrenamiento fue Aleix Espargaró. El de Suzuki, pese a estar lesionado (la semana pasada en Austria se fracturó el dedo anular de la mano izquierda), entró con holgura en el top ten (terminó séptimo), superando a Bradley Smith, a su compañero de equipo Maverick Viñales y a Dani Pedrosa, quien volvió a cerrar el listado de los diez primeros.
Fuera de este acabaron el resto de españoles de la clase: Pol Espargaró (décimo quinto), Álvaro Bautista (décimo octavo) y Tito Rabat, vigésimo y farolillo rojo.
Clasificación
| POSICIÓN | PILOTO | MOTO | TIEMPO |
| 1 | Marc MARQUEZ | HONDA | 1'55.840 |
| 2 | Andrea IANNONE | DUCATI | 0.104 |
| 3 | Jorge LORENZO | YAMAHA | 0.137 |
| 4 | Hector BARBERA | DUCATI | 0.284 |
| 5 | Valentino ROSSI | YAMAHA | 0.334 |
| 6 | Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 0.395 |
| 7 | Aleix ESPARGARO | SUZUKI | 0.601 |
| 8 | Bradley SMITH | YAMAHA | 0.654 |
| 9 | Maverick VIÑALES | SUZUKI | 0.775 |
| 10 | Dani PEDROSA | HONDA | 0.822 |
| 11 | Cal CRUTCHLOW | HONDA | 0.997 |
| 12 | Loris BAZ | DUCATI | 1.117 |
| 13 | Danilo PETRUCCI | DUCATI | 1.212 |
| 14 | Scott REDDING | DUCATI | 1.250 |
| 15 | Pol ESPARGARO | YAMAHA | 1.495 |
| 16 | Eugene LAVERTY | DUCATI | 1.496 |
| 17 | Stefan BRADL | APRILIA | 1.631 |
| 18 | Alvaro BAUTISTA | APRILIA | 1.729 |
| 19 | Yonny HERNANDEZ | DUCATI | 1.884 |
| 20 | Tito RABAT | HONDA | 2.214 |
