El español Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V) sentenció los entrenamientos libres del Gran Premio de la República Checa de MotoGP que se disputaron en el circuito de Brno y en los que todos los favoritos lograron el pase directo a la segunda clasificación (Q2). Márquez protagonizó una serie de vueltas rápidas personales al final de los entrenamientos que le auparon hasta la primera posición, con un registro de 1:55.370, por debajo del récord del circuito (1:556.027), que ostenta su compañero en Repsol Honda Dani Pedrosa. A poco de iniciarse los entrenamientos los mismos tuvieron que ser detenidos al derramar algo de aceite la moto del español Álvaro Bautista (Ducati Desmosedici GP16) en la curva diez y rodar por los suelos como consecuencia de ello el español Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V) y el británico Cal Crutchlow (Honda RC 213 V).
Aunque ninguno de los pilotos sufrió daños físicos, Dirección de Carrera mostró bandera roja para poder limpiar la zona ensuciada y colocar en su emplazamiento una defensa de aire que resultó dañada por el impacto de las motos. Apenas unos minutos más tarde se reiniciaron los entrenamientos y no pasó demasiado tiempo hasta que el español Dani Pedrosa se fue por los suelos, aunque recuperó su moto y, tras dejarla a buen recaudo, regresó a su taller para continuar las pruebas con su segunda moto y marcar el mejor tiempo en esos instantes, con más de 25 minutos de pruebas por delante.
Pedrosa se mantuvo como referente buena parte de la tanda libre, hasta que en los minutos finales comenzaron a aplicarse el resto de los pilotos si bien el primero en doblegar a Pedrosa fue su compañero de equipo, pues el italiano Valentino Rossi (Yamaha YZR M 1) se acercó a él, pero ambos se vieron doblegados por el vigente líder del mundial. Este resultado refleja lo acertado de los entrenamientos que recientemente realizó Honda en este trazado, pues ha colocado las dos motos oficiales en las primeras posiciones, por delante de Rossi, Maverick Viñales (Yamaha YZR M 1) y Andrea Dovizioso (Ducati Desmosedici GP17).
Jorge Lorenzo, que llegó a colocar su Ducati Desmosedici GP17 en la segunda posición, acabó al final noveno, pero en cualquier caso metido directamente en la segunda clasificación directa merced en parte al uso de un nuevo carenado, conocido ya por todos como el del "Tiburón Martillo" por su espectacular parte superior, muy parecido a uno que usó durante la pretemporada en el circuito de Qatar.
Un carenado muy semejante al de Lorenzo también lo empleó el italiano Danilo Petrucci, el único piloto que dispone de una Ducati Desmosedici GP17 como la de los oficiales, aunque en su caso no le sirvió de mucho, pues concluyó la tanda decimosexto, justo por delante del español Alex Rins (Suzuki GSX-RR).
Además de Bautista, Márquez, Crutchlow y Pedrosa, también se fueron por los suelos en algún momento de los entrenamientos, pero sin consecuencias en ningún caso para la integridad física de los protagonistas, salvo el británico Sam Lowes (Aprilia RS-GP), que necesitó puntos de sutura en una herida en el pie derecho, el francés Johann Zarco (Yamaha YZR M 1), el británico Scott Redding (Ducati Desmosedici GP16) o el también francés Loris Baz (Ducati Desmosedici G15). Baz consiguió meterse en la segunda clasificación directa dejando fuera al alemán Jonas Folger (Yamaha YZR M 1) o al italiano Andrea Iannone (Suzuki GSX-RR), entre otros.
Clasificación FP3:
| Pos. | Piloto | País | Equipo | Moto | Km/h | Tiempo | Diferencia1st/Prev. |
| 1 | Marc MARQUEZ | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 306.2 | 1'55.370 | |
| 2 | Dani PEDROSA | SPA | Repsol Honda Team | Honda | 308.8 | 1'55.541 | 0.171 / 0.171 |
| 3 | Valentino ROSSI | ITA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 309.7 | 1'55.758 | 0.388 / 0.217 |
| 4 | Maverick VIÑALES | SPA | Movistar Yamaha MotoGP | Yamaha | 309.3 | 1'55.773 | 0.403 / 0.015 |
| 5 | Andrea DOVIZIOSO | ITA | Ducati Team | Ducati | 311.4 | 1'55.777 | 0.407 / 0.004 |
| 6 | Cal CRUTCHLOW | GBR | LCR Honda | Honda | 304.9 | 1'55.819 | 0.449 / 0.042 |
| 7 | Aleix ESPARGARO | SPA | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 308.0 | 1'55.871 | 0.501 / 0.052 |
| 8 | Johann ZARCO | FRA | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 306.2 | 1'55.895 | 0.525 / 0.024 |
| 9 | Jorge LORENZO | SPA | Ducati Team | Ducati | 305.7 | 1'55.969 | 0.599 / 0.074 |
| 10 | Loris BAZ | FRA | Reale Avintia Racing | Ducati | 302.0 | 1'56.177 | 0.807 / 0.208 |
| 11 | Jonas FOLGER | GER | Monster Yamaha Tech 3 | Yamaha | 308.3 | 1'56.268 | 0.898 / 0.091 |
| 12 | Andrea IANNONE | ITA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 304.9 | 1'56.280 | 0.910 / 0.012 |
| 13 | Hector BARBERA | SPA | Reale Avintia Racing | Ducati | 309.8 | 1'56.320 | 0.950 / 0.040 |
| 14 | Pol ESPARGARO | SPA | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 306.8 | 1'56.350 | 0.980 / 0.030 |
| 15 | Alvaro BAUTISTA | SPA | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 309.4 | 1'56.667 | 1.297 / 0.317 |
| 16 | Danilo PETRUCCI | ITA | OCTO Pramac Racing | Ducati | 307.7 | 1'56.686 | 1.316 / 0.019 |
| 17 | Alex RINS | SPA | Team SUZUKI ECSTAR | Suzuki | 304.3 | 1'56.766 | 1.396 / 0.080 |
| 18 | Jack MILLER | AUS | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 306.2 | 1'56.835 | 1.465 / 0.069 |
| 19 | Scott REDDING | GBR | OCTO Pramac Racing | Ducati | 306.0 | 1'57.001 | 1.631 / 0.166 |
| 20 | Karel ABRAHAM | CZE | Pull&Bear Aspar Team | Ducati | 307.5 | 1'57.156 | 1.786 / 0.155 |
| 21 | Tito RABAT | SPA | EG 0,0 Marc VDS | Honda | 306.1 | 1'57.307 | 1.937 / 0.151 |
| 22 | Bradley SMITH | GBR | Red Bull KTM Factory Racing | KTM | 303.8 | 1'57.398 | 2.028 / 0.091 |
| 23 | Sam LOWES | GBR | Aprilia Racing Team Gresini | Aprilia | 304.4 | 1'57.406 | 2.036 / 0.008 |
