Los pilotos de la categoría reina no han ganado para sustos en la tercera sesión de libres. No en vano, en apenas media hora se han contabilizado hasta ocho caídas y dos accidentes múltiples. Valentino Rossi, al poco de apagarse el semáforo rojo en el pit lane, era el primero en irse al suelo en la curva 14. Al italiano le seguían poco después Álvaro Bautista, Alex Lowes, Pol Espargaró y Michele Pirro, quien besaba el asfalto tras chocar con la moto del menor de los Espargaró. El de Ducati se encontraba incorporándose a pista, tras haber pasado por boxes, cuando se topó con la Yamaha de Pol y nada pudo hacer por esquivarla. Por fortuna, Pirro pudo levantarse por su propio pie.
La del español y el italiano, no obstante, no fue la única caída simultánea de esta sesión, pues unos minutos más tarde Nicky Hayden, Marc Márquez y de nuevo Pol Espargaró, que fue arrastrado por la montura del líder del campeonato, acababan en la grava casi al unísono. El incidente, además de aparatoso, entrañó bastante peligro, ya que los comisarios del trazado y el propio Hayden debieron esquivar las motos de los dos españoles.
En lo referente a los tiempos, las Honda volvieron a copar los primeros puestos. Así, Márquez, pese a irse al suelo, comandó la clasificación gracias a un crono de 1’47.810, seguido de su compañero de marca Cal Crutchlow ( 196 milésimas). Maverick Viñales y su Suzuki se situaron en la tercera plaza, mientras que Jorge Lorenzo ocupó la cuarta plaza.
Aleix Espargaró fue quinto y Dani Pedrosa sexto. El barcelonés no pudo mejorar su registro de ayer, pero aún así terminó por delante de Scott Redding, Andrea Dovizioso, Valentino Rossi y Pol Espargaró. Estos dos últimos tampoco rebajaron sus respectivos cronos.
Ni Barberá, undécimo, ni Bautista, 16º, ni Rabat, 18º, pudieron superar el corte de la Q2.
Resultados FP3 MotoGP Aragón 2016
| POSICIÓN | PILOTO | MOTO | TIEMPO |
| 1 | M.MARQUEZ | HONDA | 1'47.810 |
| 2 | C.CRUTCHLOW | HONDA | 1'48.006 |
| 3 | M.VIÑALES | SUZUKI | 1'48.052 |
| 4 | J.LORENZO | YAMAHA | 1'48.298 |
| 5 | A.ESPARGARO | SUZUKI | 1'48.308 |
| 6 | D.PEDROSA | HONDA | 1'48.429 |
| 7 | S.REDDING | DUCATI | 1'48.627 |
| 8 | A.DOVIZIOSO | DUCATI | 1'48.652 |
| 9 | V.ROSSI | YAMAHA | 1'48.669 |
| 10 | P.ESPARGARO | YAMAHA | 1'48.749 |
| 11 | H.BARBERA | DUCATI | 1'48.970 |
| 12 | D.PETRUCCI | DUCATI | 1'49.065 |
| 13 | Y.HERNANDEZ | DUCATI | 1'49.137 |
| 14 | M.PIRRO | DUCATI | 1'49.250 |
| 15 | S.BRADL | APRILIA | 1'49.298 |
| 16 | A.BAUTISTA | APRILIA | 1'49.301 |
| 17 | E.LAVERTY | DUCATI | 1'49.738 |
| 18 | T.RABAT | HONDA | 1'49.804 |
| 19 | N.HAYDEN | HONDA | 1'50.617 |
| 20 | L.BAZ | DUCATI | 1'50.617 |
| 21 | A.LOWES | YAMAHA | 1'50.988 |
