Por primera vez en todo el fin de semana los pilotos de MotoGP han podido rodar en seco, a pesar de que en la primera parte de los cronometrados cayeron unas gotas. Por ello, las pruebas de las especificaciones de seco de cara la carrera se han alargado más de lo normal.
Cuando han comenzado a calzar las gomas de calificación el primero en golpear ha sido Nicky Hayden, aunque Casey Stoner ha sido quien finalmente se ha adjudicado la pole en el Ricardo Tormo con un tiempo de 1'31.502. El piloto de Ducati ha sido el auténtico dominador en los entrenamientos al adjudicarse la mitad de los entrenamientos cronometrados, con 9 poles de 18 Grandes Premios (más incluso que en 2007, cuando logró el mundial).
Los pilotos del Repsol Honda han sido ha sido la gran amenaza para Stoner. El Dani Pedrosa ha realizado una última vuelta increíble pero al final se ha quedado a 53 milésimas, mientras que Nicky Hayden no ha podido culmina sus dominio en los libres y finalmente saldrá desde la tercera posición.
Las dos Yamaha satélite del equipo Tech 3 han superado a las oficiales, y tanto Colin Edwards (a siete décimas del tiempo de Stoner) como James Toseland (ya a más de un segundo) saldrán desde la segunda línea de la parrilla, acompañados por el francés Randy De Puniet.
La tercera fila estará presidida por Jorge Lorenzo con su espectacular estética de Lorenzo’s Land, que ha perdido 1.092 con respecto a Casey Stoner. El piloto mallorquín compartirá línea con Loris Capirossi y, sobre todo, con Andrea Dovizioso, con quien todavía tiene en juego el título de Rookie del Año (21 puntos a favor del español).
Sorprendentemente Valentino Rossi ha finalizado décimo a casi un segundo y medio del tiempo de Stoner y Pedrosa. El campeón del mundo encabeza la cuarta línea justo por delante de Toni Elías, que a pesar de sus malas sensaciones con agua, con la pista seca ha vuelto a ser la segunda Ducati más rápida. Cierra la cuarta fila la Suzuki de Chris Vermeulen.
En las dos últimas líneas se han quedado pilotos como Sylvain Guintoli (13º) o Anthony West (17º), que han realizado su último entrenamiento en MotoGP ya que la próxima temporada no estarán en MotoGP. Tampoco es seguro el puesto de Nakano (15º) en 2009, aunque todavía tiene la opción de la virtual tercera moto de Kawasaki. A modo resumen de una temporada para olvidar Marco Melandri ha realizado su última tanda cronometrada con Ducati cerrando la parrilla con el peor tiempo.
| Pos | Piloto | Marca | Tiempo | Dif. | Vel.Max. |
| 1 | Casey STONER | DUCATI | 1'31.502 | 307.0 | |
| 2 | Dani PEDROSA | HONDA | 1'31.555 | 0.053 | 308.0 |
| 3 | Nicky HAYDEN | HONDA | 1'31.703 | 0.201 | 304.8 |
| 4 | Colin EDWARDS | YAMAHA | 1'32.212 | 0.710 | 301.3 |
| 5 | James TOSELAND | YAMAHA | 1'32.518 | 1.016 | 302.1 |
| 6 | Randy DE PUNIET | HONDA | 1'32.572 | 1.070 | 293.9 |
| 7 | Jorge LORENZO | YAMAHA | 1'32.594 | 1.092 | 304.2 |
| 8 | Loris CAPIROSSI | SUZUKI | 1'32.614 | 1.112 | 299.6 |
| 9 | Andrea DOVIZIOSO | HONDA | 1'32.734 | 1.232 | 298.8 |
| 10 | Valentino ROSSI | YAMAHA | 1'32.962 | 1.460 | 303.1 |
| 11 | Toni ELIAS | DUCATI | 1'32.983 | 1.481 | 308.7 |
| 12 | Chris VERMEULEN | SUZUKI | 1'33.017 | 1.515 | 294.9 |
| 13 | Sylvain GUINTOLI | DUCATI | 1'33.352 | 1.850 | 307.7 |
| 14 | John HOPKINS | KAWASAKI | 1'33.681 | 2.179 | 298.7 |
| 15 | Shinya NAKANO | HONDA | 1'33.767 | 2.265 | 299.7 |
| 16 | Alex DE ANGELIS | HONDA | 1'33.848 | 2.346 | 298.2 |
| 17 | Anthony WEST | KAWASAKI | 1'33.879 | 2.377 | 299.9 |
| 18 | Marco MELANDRI | DUCATI | 1'34.174 | 2.672 | 306.6 |
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