Con una climatología empeorando según pasan las horas del día en Le Mans, Casey Stoner ha conseguido en el último minuto de la sesión el mejor tiempo como ya hiciera en las dos sesiones disputadas el viernes.
El australiano ha mantenido la primera posición desde mediada la sesión, aunque el ritmo de Marco Simoncelli ha llevado al italiano a lograr la primera posición a pocos minutos del final. Sin embargo, sólo unos segundos después, Stoner ha vuelto a rebajar su mejor registro de la sesión hasta 1'33"815. Aún así Stoner no ha podido mejorar su mejor registro de la segunda sesión del viernes.
Entre los españoles Dani Pedrosa ha sido el mejor clasificado en cuarta posición. Pedrosa ha sufrido un problema mecánico, perdiendo los últimos minutos para estar en pista.
Por detrás de Pedrosa se han clasificado Jorge Lorenzo (sexto y primer piloto de Yamaha), Álvaro Bautista (13º), Héctor Barberá (15º) y Toni Elías (17º).
Clasificación completa FP3 MotoGP
| 1 | Casey STONER | HONDA | 1'33.815 |
| 2 | Marco SIMONCELLI | HONDA | 1'34.075 |
| 3 | Andrea DOVIZIOSO | HONDA | 1'34.244 |
| 4 | Dani PEDROSA | HONDA | 1'34.545 |
| 5 | Nicky HAYDEN | DUCATI | 1'34.954 |
| 6 | Jorge LORENZO | YAMAHA | 1'35.051 |
| 7 | Valentino ROSSI | DUCATI | 1'35.280 |
| 8 | Colin EDWARDS | YAMAHA | 1'35.281 |
| 9 | Ben SPIES | YAMAHA | 1'35.302 |
| 10 | Cal CRUTCHLOW | YAMAHA | 1'35.442 |
| 11 | Hiroshi AOYAMA | HONDA | 1'35.645 |
| 12 | Karel ABRAHAM | DUCATI | 1'35.799 |
| 13 | Alvaro BAUTISTA | SUZUKI | 1'35.979 |
| 14 | Randy DE PUNIET | DUCATI | 1'36.091 |
| 15 | Hector BARBERA | DUCATI | 1'36.268 |
| 16 | Loris CAPIROSSI | DUCATI | 1'36.370 |
| 17 | Toni ELIAS | HONDA | 1'36.467 |