Nico Terol ha vuelto a ser el más rápido en la tercera sesión libre de entrenamientos en el «octavo de litro», que se ha desarrollado sin lluvia, pero con el asfalto parcialmente húmedo por las lluvias caídas durante la noche anterior en la zona del circuito de Estoril. Debido a ello los tiempos de todos los pilotos han sido sensiblemente más lentos que en las sesiones FP1 y FP2 disputadas en la jornada del viernes.
Clasificación completa FP3 125 cc
| 1 | Nicolas TEROL | APRILIA | 1'54.280 |
| 2 | Danny KENT | APRILIA | 1'54.658 |
| 3 | Hector FAUBEL | APRILIA | 1'54.830 |
| 4 | Efren VAZQUEZ | DERBI | 1'54.998 |
| 5 | Jonas FOLGER | APRILIA | 1'55.167 |
| 6 | Alberto MONCAYO | APRILIA | 1'55.311 |
| 7 | Maverick VIÑALES | APRILIA | 1'55.412 |
| 8 | Adrian MARTIN | APRILIA | 1'55.606 |
| 9 | Miguel OLIVEIRA | APRILIA | 1'55.747 |
| 10 | Luis SALOM | APRILIA | 1'55.859 |
| 11 | Sandro CORTESE | APRILIA | 1'56.099 |
| 12 | Johann ZARCO | DERBI | 1'56.373 |
| 13 | Hiroki ONO | KTM | 1'56.377 |
| 14 | Simone GROTZKYJ | APRILIA | 1'56.668 |
| 15 | Danny WEBB | MAHINDRA | 1'56.693 |
| 16 | Zulfahmi KHAIRUDDIN | DERBI | 1'57.069 |
| 17 | Giulian PEDONE | APRILIA | 1'57.167 |
| 18 | Taylor MACKENZIE | APRILIA | 1'57.237 |
| 19 | Jasper IWEMA | APRILIA | 1'57.325 |
| 20 | Sergio GADEA | APRILIA | 1'57.433 |
| 21 | Joan PERELLO | APRILIA | 1'57.443 |
| 22 | Niklas AJO | APRILIA | 1'57.471 |
| 23 | Jakub KORNFEIL | APRILIA | 1'57.805 |
| 24 | Marcel SCHROTTER | MAHINDRA | 1'58.107 |
| 25 | Peter SEBESTYEN | KTM | 1'58.298 |
| 26 | Harry STAFFORD | APRILIA | 1'58.314 |
| 27 | Louis ROSSI | APRILIA | 1'59.314 |
| 28 | Luigi MORCIANO | APRILIA | 1'59.388 |
| 29 | Francesco MAURIELLO | APRILIA | 1'59.559 |
| 30 | Sarath KUMAR | APRILIA | 2'00.796 |