En la salida Max Biaggi gana la partida al resto de sus rivales y se sitúa en primera posición, seguido de Noriyuki Haga. El poleman, Ben Spies, no está fino soltando embrague y pierde varias posiciones, lo mismo que Carlos Checa que pasa la primera vuelta en el décimo puesto.
En la segunda vuelta se produce un triple recto de Kagayama, Rolfo y Roberts y una vuelta después el que se va a la arena es Neukirchner. Las Suzuki, no puntuarían en Losail a pesar de que el privado Muggeridge se quedó a las puertas con su 16º puesto.
Biaggi estira el grupo desde el inicio y se lleva tras él Haga. Por su parte, Spies, que no había salido bien comienza a ganar posiciones y se sitúa en tercera posición en la vuelta tres, para tratar de dar caza al dúo de cabeza que lleva una distancia de un segundo. El americano arrastra con él a Jakub Smrz y Shinya Nakano.
Por detrás, Carlos Checa lidera un larguísimo grupo en el que poco a poco, por el alto ritmo de carrera y por las caídas (Michel Fabrizio es otro que arrastra su mono por el asfalto), sólo quedarán el español junto a Shane Byrne y Tom Sykes.
En apenas dos vueltas Spies llega al grupo de cabeza y se pone a la estela de Biaggi y Haga, que durante más de la mitad de carrera no alterarán sus posiciones, con el americano estudiando a sus rivales, y el japonés a milímetros del de Aprilia, lo que le cuesta más susto en alguna ocasión.
Checa gana una posición con la caída de Smrz y se sitúa quinto. En el punto de mira del español está Nakano, que rueda en tierra de nadie y al que décima a décima se le escapa la ventaja que tenía. A Checa le faltará una vuelta más para dar caza a Nakano ya que cuando cruzan la línea de meta el de Aprilia finaliza a menos de medio segundo del español.
Después de media carrera sin novedades en cabeza, a falta de seis para el final, Spies pasa a la acción y se deshace de Haga primero, a final de la larga recta de Losail, y más tarde de Biaggi. El americano lo tiene claro y aumenta el ritmo cogiendo unos metros de ventaja. Haga, sabiendo las intenciones del entonces líder de carrera, adelanta a Biaggi y trata de pegarse a la rueda de la Yamaha sin conseguirlo. Además, la menor punta de velocidad de la Ducati en comparación con la Aprilia el hace perder la segunda plaza a final de recta, justo cuando Spies ya se había distanciado a un segundo.
En el final de carrera Spies se limita a controlar su ventaja que se mueve entre 1,5 y 2 segundos. La batalla está entre Haga y Biaggi por la segunda posición, que finalmente se adjudica el piloto de Ducati.
Nakano entra cuarto, ya absorbido por el grupo de Checa, Byrne y Sykes que finalizan a más de 12 segundos de la cabeza. Ryuichi Kiyonari, octavo, encabeza un estirado grupo que cierra Rubén Xaus en 13º posición. Broc Parkes y Tommy Hill se llevan los últimos puntos en juego, y en el caso del australiano, los dos primeros puntos del campeonato para Kawasaki. El español David Salom ha terminado 18º.
Clasificaciones
| Pos. | Piloto | Moto | Tiemp/Dif | V.rpida |
| 1 | B. SPIES | Yamaha YZF R1 | 36'06.304 | 1'59.544 |
| 2 | N.HAGA | Ducati 1098R | 1.893 | 1'59.511 |
| 3 | M.BIAGGI | Aprilia RSV4 | 2.168 | 1'59.841 |
| 4 | S. NAKANO | Aprilia RSV4 | 12.061 | 1'59.866 |
| 5 | C. CHECA | Honda CBR1000RR | 12.597 | 1'59.948 |
| 6 | S. BYRNE | Ducati 1098R | 12.971 | 2'00.315 |
| 7 | T. SYKES | Yamaha YZF R1 | 13.570 | 2'00.037 |
| 8 | R. KIYONARI | Honda CBR1000RR | 19.306 | 1'59.942 |
| 9 | T. CORSER | BMW S1000 RR | 19.388 | 2'00.471 |
| 10 | R. LACONI | Ducati 1098R | 20.981 | 2'00.356 |
| 11 | L. HASLAM | Honda CBR1000RR | 21.164 | 2'00.047 |
| 12 | J. REA | Honda CBR1000RR | 21.994 | 2'00.306 |
| 13 | R. XAUS | BMW S1000 RR | 22.917 | 2'00.619 |
| 14 | B. PARKES | Kawasaki ZX 10R | 27.218 | 2'00.366 |
| 15 | T. HILL | Honda CBR1000RR | 31.602 | 2'01.160 |
| 16 | K. MUGGERIDGE | Suzuki GSX-R 1000 K9 | 33.934 | 2'01.304 |
| 17 | L. SCASSA | Kawasaki ZX 10R | 47.496 | 2'01.665 |
| 18 | D.SALOM | Kawasaki ZX 10R | 47.505 | 2'01.664 |
| 19 | M.BAIOCCO | Kawasaki ZX 10R | 59.278 | 2'01.664 |
| 20 | V. IANNUZZO | Honda CBR1000RR | 59.295 | 2'02.019 |
| 21 | B. ROBERTS | Ducati 1098R | 59.338 | 2'01.345 |
| 22 | Y. KAGAYAMA | Suzuki GSX-R 1000 K9 | 1'04.008 | 2'01.020 |
