Después de la suspensión de la primera etapa del Dakar 2016 entre Rosario y Villa Carlos Paz debido a las malas condiciones climatológicas que impedían garantizar la seguridad de la prueba, la organización ha dedicido recortar el recorrido de la segunda etapa.
De esta manera, la especial de la segunda etapa, que discurre entre Villa Carlos Paz y Termas de Río Hondo, también se ha visto condicionada por el mal tiempo y la organización ha decidido recortar su distancia original, estableciendo la línea de meta en la CP4.
Además, la salida de esta segunda etapa de motos se ha retrasado una hora hasta las 7:40 (hora local).
