Siete años después, Andrea Dovizioso volvió a saborear las mieles de la victoria. El italiano no ganaba en la categoría reina desde el GP de Gran Bretaña de 2009 y, como en aquella ocasión, el triunfo llegó en una carrera pasada por agua.
La prueba, que comenzó con 20 minutos de retraso y se recortó a 19 vueltas debido al intenso aguacero que cayó sobre la pista malaya, se inició con Jorge Lorenzo al frente, aunque antes del fin de la primera vuelta Valentino Rossi tomaba el relevo del balear con un adelantamiento precioso en la curva nueve. Un giro más tarde, era otro transalpino, Andrea Iannone, quien se colocaba en cabeza y juntos lograban abrir un pequeño hueco con respecto a otro dúo: el conformado por Marc Márquez y Andrea Dovizioso.
Coincidiendo con la recuperación del mando de la prueba por parte de Rossi en el sexto giro, Dovizioso se unía a los líderes, mientras Cal Crutchlow, desde la cuarta plaza, y Marc Márquez, en la quinta posición, trataban de recortar su desventaja y contactar con ellos. Con tanto ahínco lo intentaron que ambos se fueron al suelo a ocho giros del final.
Con la auto eliminación del español y el británico, la victoria quedó en manos de Rossi, Dovizioso e Iannone. Este último, sin embargo, al igual que el vigente campeón y el ganador del pasado GP del Australia, también besó el asfalto cuando marchaba tercero, con lo que a siete giros del final únicamente dos contendientes luchaban por el triunfo. Se preveía un final apretado, pero un error de Rossi a falta de cinco vueltas precipitó el desenlace y restó la poca emoción con la que ya contaba la prueba. El de Yamaha, tras su fallo, tiró la toalla y se dejó de ir. Así, no debe extrañar que el de Ducati acabara cruzando la meta con más de tres segundos de ventaja.
Jorge Lorenzo completó el cajón. El balear, tras rodar buena parte de la prueba en la sexta plaza, se encontró con un podio regalado, merced de las caídas de Márquez, Crutchlow e Iannone. Lorenzo ya no podrá pelear por el subcampeonato (Rossi lo selló matemáticamente), pero sí se asegura llegar a Valencia con una renta importante para defender la tercera plaza frente a Maverick Viñales (17 puntos).
Fue un día brillante para Ducati, pues Héctor Barberá concluyó cuarto, Loris Baz quinto y Danilo Petrucci décimo. Scott Redding, décimo quinto, también puntuó para la casa de Borgo Panigale.
Con respecto a los españoles, además de Lorenzo y Barberá, destacaron Maverick Viñales (6º) y especialmente Álvaro Bautista, que condujo su Aprilia hasta el séptimo lugar. Pol Espargaró, 9º, Marc Márquez, después de levantarse y ser undécimo, y Aleix Espargaró, 13º, también entraron en la zona de puntos.
Clasificación GP de Malasia de MotoGP
| Posición | Piloto | Moto | Tiempo/Dif. |
| 1 | Andrea DOVIZIOSO | DUCATI | 42'27.333 |
| 2 | Valentino ROSSI | YAMAHA | 3.115 |
| 3 | Jorge LORENZO | YAMAHA | 11.924 |
| 4 | Hector BARBERA | DUCATI | 19.916 |
| 5 | Loris BAZ | DUCATI | 21.353 |
| 6 | Maverick VIÑALES | SUZUKI | 22.932 |
| 7 | Alvaro BAUTISTA | APRILIA | 25.829 |
| 8 | Jack MILLER | HONDA | 32.746 |
| 9 | Pol ESPARGARO | YAMAHA | 33.704 |
| 10 | Danilo PETRUCCI | DUCATI | 34.280 |
| 11 | Marc MARQUEZ | HONDA | 36.480 |
| 12 | Eugene LAVERTY | DUCATI | 36.638 |
| 13 | Aleix ESPARGARO | SUZUKI | 36.897 |
| 14 | Bradley SMITH | YAMAHA | 45.609 |
| 15 | Scott REDDING | DUCATI | 49.779 |
| 16 | Hiroshi AOYAMA | HONDA | 52.665 |
| 17 | Stefan BRADL | APRILIA | 52.784 |
| 18 | Tito RABAT | HONDA | 54.891 |
