El suizo Dominique Aegerter ha repetido el éxito de la primera carrera y ha arrasado en la segunda manga de Assen, venciendo en solitario para sumar ya cinco victorias consecutivas y ampliar considerablemente su liderato sobre Steven Odendaal, que solo pudo ser 13º. Completaron el podio Philipp Oettl y Randy Krummenacher, con Manu González sexto y Marc Alcoba noveno.
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Una gran salida de Dominique Aegerter le permitía defender la pole, con Philipp Oettl colándose ante Steven Odendaal. Tras ellos se situaban Jules Cluzel, Randy Krummenacher y Manu González. Por detrás caía Galang Hendra en la primera curva. Algo más tarde se producía una caída doble cuando el italiano Raffaele De Rosa se iba al suelo y arrastraba con él a su compatriota Federico Caricasulo.
Oettl adelantaba a Aegerter y se colocaba en cabeza para poner el ritmo. Odendaal también pasaba al suizo, pero éste se rehacía y poco después cogía la cabeza al pasar a Oettl. Ambos abrían un pequeño hueco sobre Odendaal, que llevaba tras de sí a Cluzel, Krummenacher, González, Can Oncu y Luca Bernardi.
Odendaal lograba cerrar el grupo para atrapar a Aegerter y Oettl, pero a diez del final tenía algún problema mecánico en su Yamaha y se paraba. Conseguía volver a poner la moto en marcha y se reintegraba en la vigésima posición para intentar salvar algún punto. Se abrían tres frentes: el duelo entre Aegerter y Oettl por el podio, la lucha a cinco por el podio entre Krummenacher, Cluzel, Bernardi, González y Oncu; y la escalada hacia los puntos de Odendaal.

Repitiendo el guion de la primera carrera, Aegerter empezaba a rodar en tiempos de vuelta rápida y Oettl no podía seguirle, quedándose en tierra de nadie. Detrás eran Bernardi y Krummenacher los más animados en la parte delantera del grupo, con Oncu apareciendo en el tramo final para superar a Bernardi en la chicane de la penúltima vuelta y entrar en el giro final a rueda de Krummenacher.
Dominique Aegerter certificaba un nuevo doblete logrando su quinta victoria consecutiva, con Philipp Oettl haciéndose con la segunda plaza. Detrás, Randy Krummanacher se aprovechaba de la lucha a su espalda para hacerse con el tercer escalón del podio.
Cuarto en meta era Luca Bernardi, pero era castigado con un puesto y Jules Cluzel heredaba su puesto, con Manu González repitiendo la sexta posición del día anterior y Can Oncu finalmente séptimo tras un pequeño error en el último giro. Niki Tuuli terminaba octavo con Marc Alcoba repitiendo en la novena posición y Vertti Takala décimo. Steven Odendaal salvaba tres puntos al ser 13º, con María Herrera 20ª y Eduardo Montero 21º.
La renta de Dominique Aegerter sobre Steven Odendaal se dispara hasta los 44 puntos: